В связи с секуляризацией церковных земель, предпринятой Екатериной II, тысячи русских монастырей прекратили свое существование.
По указу 1764 года Белгородской консистории Преосвященного Порфирия, епископа Белгородского и Обоянского, Коренная пустынь исключалась из ведения Курского Знаменского монастыря и становилась самостоятельной со штатом в семь монашествующих.
При этом у Коренной пустыни незаконно были отобраны и Богородицкий лес, и луга, сады и огороды, мельница, пчельник, все постройки, извне примыкавшие к плетневой ограде обители, в том числе ветхие гостиные дома. В монастырской описи 1765 года встречаются такие красноречивые записи, «домашнего скота, езжих три лошади, все престарелые. Примечание: две пали в трудах, одна продана. Рогатого скота, старых и молодых коров, быков двухлетних и подтелков малых всех 11. Примечание: по приговору братскому, за неимением, чем кормить 5 – проданы. Денег в казне не имеется.) Из документов видно, что в обители не хватает самой необходимой утвари, храмы требовали ремонта. Монастырь по прежнему не был огорожен, так что амбары, кельи монахов и даже алтари храмов часто обворовывались. В таком состоянии принял Коренную пустынь игумен Исайа (Илляшевич), постриженный в монашество святителем Иоасафом Белгородским (Горленко), опытный в хозяйственных делах и весьма усердный настоятель, управляющий пустынью с 1765 по 1771 год. Игумену удалось кое-что подремонтировать, исправить, улучшить в обители. Чтобы изыскать средства к дальнейшему ремонту и поддержанию жизни обители игумен Исайа добился, что в 1765 году срок пребывания Курской иконы в Коренной пустыни был увеличен до двух недель. Когда между Курским Знаменским монастырем и Коренной пустынью возникли разногласия о доходах с кружечных и иных сборов, епископ Порфирий распорядился делить доходы поровну, пополам. В 1767 году во время традиционного крестного хода произошла ссора из-за этих доходов. Последовал высочайший указ о запрещении крестных ходов в Коренную пустынь, как полагают, по инициативе обер-прокурора Синода, человека протестантских симпатий, графа Мелиссино. Они были возобновлены лишь в 1791 году. Коренная пустынь стала приходить в совершенный упадок.
Как видим после заметного оживления в начале XVIII века положение Курской Коренной пустыни вскоре стало неуклонно ухудшаться. Этому содействовали далеко не одни конкретные местные условия. Все началось с «церковной реформы» Петра I, проведенной под руководством англичан – профессоров Оксфорда, продолжилось антиправославной политикой Екатерины II, всяческим притеснением монашеского подвижничества (в том числе идейными гонениями на делание Молитвы Иисусовой). Все это кончилось тем, что во второй половине XVIII века преподобный Паисий Величковский не нашел в России ни одного монастыря, где желающий подлинно монашеского подвига мог бы жить, не подвергаясь глумлению, и вынужден был удалиться в Молдавию…
Это была внутренняя последовательная политика правящих верхов России, направленная на подрыв коренных устоев русской церковной и духовной жизни, проводимая более 80 лет. Результатом такой политики явилось оскудение монашества, падение его нравственного уровня. А в 1792 году, когда в Коренной пустыни решено было ввести твердый общежительный устав, из пяти насельников братии обители только один, иеромонах Протерий, выразил желание остаться, остальные выпросили разрешение удалиться в другие монастыри, где было повольготней. Это было бедствием гораздо худшим, чем материальные лишения и стеснения обители! Таким образом, то, что происходило с Коренной пустынью и в ней самой, было лишь местным отражением общероссийских явлений церковной жизни.
Екатерина II значительно изменила свое отношение к Православию, в частности к монашеству. Этим и объясняется тот удивительный факт, что в 1790 году курские граждане во главе с городской головой Иваном Голиковым дерзнули обратиться к ней с прошением о возобновлении крестных ходов в Коренную пустынь и получили сразу же высочайшее разрешение.